O programa SysSUSInternado foi desenvolvido para ser possível realizar o faturamento das AIH's, Autorizações de Internação Hospitalar. O faturamento de uma AIH envolve as contas de internações exclusivas do SUS. Basicamente, é feito pela modalidade de pacote, entretanto, existem alguns procedimentos que seguem regras específicas e podem ser cobrados à parte.

Os atendimentos internados do SUS são realizados por um registro principal do módulo SysInter (internação), e via atendimentos vinculados à internação. Estes atendimentos podem ser registrados através dos módulos SysLaudos (SADT imagem), SysLab (SADT laboratorial), SysSADT (demais exames) e SysFisio (atendimento fisioterápico), agilizando assim o faturamento.

Além de permitir o lançamento de contas extras, para hospitais que não possuem o módulo específico. Além do faturamento, através do SysSUSInternado é realizada a exportação das AIH's, caso necessário, sua reapresentação, e a emissão de relatórios.